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최근 토지를 보유한 개인과 법인 사이에서 세금 부담에 대한 관심이 높아지고 있다. 특히, 공시지가 합계가 5억 원을 초과하는 토지는 종합부동산세(이하 ‘종부세’) 과세대상에 포함될 수 있어 단순히 재산을 보유하는 것만으로도 상당한 세부담이 발생할 수 있다. 그렇다면 지방세인 재산세와 국세인 종부세는 어떤 관계를 갖고 있는지 살펴볼 필요가 있다.

종부세는 매년 6월 1일 기준으로 재산세 과세대장을 토대로 부과된다. 즉, 재산세의 과세 구조가 곧 종부세 계산의 근간이 되는 것이다. 재산세는 관할자치단체에서 부과·고지하며, 토지의 용도와 보유 목적에 따라 분류된다. 일반적으로 분리과세, 별도합산과세, 종합합산과세로 나뉜다.
분리과세대상토지는 농지, 임야 등 공익적 목적의 토지를 의미하며, 별도합산과세대상토지는 상가나 공장 등 건축물 부속토지에 해당한다. 반면 종합합산과세대상토지는 위 두 가지에 해당하지 않는 일반 토지, 즉 나대지가 대부분 포함된다. 이 경우 상대적으로 높은 세율이 적용되어 세부담이 커진다.
종부세는 토지의 과세 구분에 따라 공제금액이 달라진다. 종합합산토지는 공제금액이 5억 원에 불과하지만, 별도합산토지는 80억 원까지 공제가 가능하다. 따라서 동일한 공시가격의 토지라도 별도합산토지로 분류되면 세금 부담이 크게 줄어든다. 즉 재산세 상의 토지 분류는 종부세 절세의 핵심 요소라 할 수 있다.
그러나 실무에서는 토지 합병·분할 과정에서 착오가 발생하는 경우가 있다. 실제로는 건축물의 부속토지임에도 불구하고 전산상 오류나 서류 누락으로 종합합산토지로 분류되어, 재산세와 종부세가 과다하게 부과되는 사례가 있다. 이런 경우라면 재산세 환급과 함께 종부세 경정청구를 통해 세액을 조정할 수 있다.
결국 종부세는 단순히 보유세가 아니라, 재산세 과세 구조와 긴밀하게 연계된 세금이다. 토지의 지목, 용도, 보유 형태는 단순 행정적 분류가 아니라 세부담을 좌우하는 핵심 요인이다. 특히 나대지와 같은 일반 토지는 세부담이 높아지기 쉽기 때문에, 보유자는 매년 과세유형과 공시지가를 점검하고 필요 시 행정적 오류를 바로잡는 것이 절세의 첫걸음이다.
법인과 개인 모두, 토지를 장기적으로 보유하거나 거래할 계획이 있다면, 사전에 재산세 과세 구조와 종합부동산세 연계를 충분히 이해하고 관리하는 것이 필요하다. 조기 착공, 사업용 전환, 지목 변경 등 실무적 대응이 세부담 완화에 큰 역할을 할 수 있다는 점을 명심해야 한다.
[글] GMG세무회계 전주ㅣ조정민 대표세무사